Trao đổi chéo được miêu tả trên lý thuyết bởi Thomas Hunt Morgan. Ông dựa vào khám phá của Frans Alfons Janssens, người đã mô tả hiện tượng năm 1909 và gọi nó là "chiasmatypie". Thuật ngữ chiasma (tức là bắt chéo) được liên kết, nếu như không phải trùng khớp, với hiện tượng trao đổi chéo nhiễm sắc thể. Morgan ngay lập tức nhìn thấy tầm quan trọng to lớn của sự diễn giải về mặt tế bào học về hiện tượng bắt chéo của Janssens đối với những kết quả thực nghiệm của nghiên cứu của ông về di truyền trên Drosophila (hình 2). Nền tảng vật lý của trao đổi chéo lần đầu được mô tả bởi Harriet Creighton và Barbara McClintock vào năm 1931.[7] Tiếp hợp có thể dẫn đến trao đổi chéo kép (hình 3).

ẫn đến những nhiễm sắc thể trong quá trình sinh sản hữu tính. Nó là một trong những giai đoạn cuối cùng của tái tổ hợp di truyền, diễn ra trong giai đoạn pchytene của kì đầu I ở giảm phân qua một quá trình gọi là tiếp hợp. Quá trình tiếp hợp này thường dẫn đến trao đổi chéo. Đó là hiện tượng khi các vùng tương ứng nhau trên các nhiễm sắc thể đang tiếp hợp bị đứt, rồi tái kết nối với nhiễm sắc thể tương đồng còn lại, dẫn đến gen hoán vị. Hiện tượng này gây ra tái tổ hợp tương đồng, có thể tạo thành dị hợp tử từ cơ thể vốn là đồng hợp tử (hình 1).[8]